第一步：安装ubuntu （略过）

第二步：下载freesurfer：从freesurfer的官方网站上下载：http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/Download  ，此处下载的是freesurfer-Linux-centos6_x86_64-stable-pub-v5.3.0.tar.gz

第三歩：安装freesurfer：

1）把freesurfer的安装包复制到 /usr/local;  在终端输入：cp  freesurfer所在位置  /usr/local

2) 进入 /usr/local，解压freesurfer文件，输入 sudo  tar -zxvf 文件名（如：sudo tar -zxvf freesurfer-Linux-centos6_x86_64-stable-pub-v5.3.0.tar.gz）

3) 安装tcsh (if not), 输入：sudo apt-get install tcsh;   完成后输入tcsh，不报错的话就没问题了。

4）配置环境变量：输入：sudo gedit  /etc/profile，在最后一行加入：export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer

5） sudo gedit  /etc/bash.bashrc  在最后一行加入：

export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer

source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh

6) 把注册时给的license文件复制到/usr/local/freesurfer里面

邮件内容如：

Here is your FreeSurfer license. Place the four lines between theCUT HERE markers in a file named "license.txt" in the directory pointed toby the $FREESURFER_HOME environment variable (see the FreeSurfer documentation).

#---------------CUT HERE---------------

xxxxxx

xxxxx

xxxxx

xxxxx

#---------------CUT HERE---------------

PS：如果未注册就点击：http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/registration.html

7）分别输入：tkregister2、tkmedit、tksurfer 和recon-all --help没有报错的话  就说明基本安装成功了。

8）输入：recon-all -s bert -autorecon1

等一段时间，出现“recon-all -s bert finished without error at Sat Oct 11 10:07:49 CST 2014 done”

至此，大功告成！！！

其它：由于是ubuntu12.04的操作系统，所以可能会出现以下情况：“qdec.bin: error while loading shared libraries: libjpeg.so.62: cannot open shared object file: No such file or directory”

解决方案：sudo ln -s /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libjpeg.so.8.0.2 /usr/lib/libjpeg.so.62

reference:

1) http://52brain.com/forum.php?mod=viewthread&action=printable&tid=8723 (http://blog.sina.com.cn/s/blog_594168770101i52v.html)

2) http://wenku.baidu.com/link?url=86-qaV4F97xzdXtlFbXMztEyLij2Y6tTE5Zr5MY8I5lbKSPwRIpWWAcQ_ipLxRPLnknqeu5L9jR0xyuzAgaZq-EK7Jap7cdc8tBlC8OjVW3

3) https://blog.csdn.net/lj695242104/article/details/39988687

4）http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/registration.html